Sono doverose alcune premesse:

“1) – SARS-CoV-2 è frutto di uno spillover a partire dalla fine del 2019

2) – SARS-CoV-2 è un virus a RNA

3) – Le mutazioni sono molto frequenti nei RNA-Virus

4) – Tutte le mutazioni sono CASUALI

5) – La probabilità di mutazione aumenta all’aumentare della durata dell’infezione (quindi con il n° di replicazioni virali)

6) – Le mutazioni possono essere “deleterie” (nella maggior parte dei casi), “neutre” (in minor percentuale) o “positive” (in bassissima percentuale) per il virus rispetto all’ospite.

Premesso questo, il virus rispetto al nuovo ospite (umano) è in fase di “adattamento”, le mutazioni, non solo per i virus, servono per adattarsi all’ambiente con una selezione naturale.

Il genoma di SARS-CoV-2 è formato da circa 30.000 nucleotidi che, nel complesso, codificano proteine non strutturali ma funzionali (ORF-1a e ORF-1b per replicasi), strutturali (S=proteina spike, N=nucleocapside, M=memebrana, E=involucro o envelope) e accessorie.

Rispetto ad altri RNA-virus, SARS-CoV-2 presenta un tasso di mutazione ridotto/più lento per la presenza di una proteina “correttrice di bozze” (nsp14) che funziona da riparatrice degli errori di replicazione della polimerasi.

Rispetto al ceppo originario di Wuhan (caso1) (la cui sequenza è riportata qui: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947.3?report=fasta) ci sono state circa 27 mutazioni su un genoma di 30000 nucleotidi (0,09%) in circa un anno.

Per avere un’idea vedi prima foto in calce ricavata da: https://www.gisaid.org/epiflu-applications/covsurver-mutations-app/

L’albero filogenetico dimostra quali ceppi sono attualmente più preponderanti (https://graphics.reuters.com/HEALTH-CORONAVIRUS/EVOLUTION/yxmpjqkdzvr/index.html?fbclid=IwAR1TTK5s64jtRhhVvotdUgknpEbEpC0Vr4BkpUbJ_z-AcpDR81HKMrT__wY) nell’articolo, si nota anche quali sono le mutazioni più frequenti che avvengono nel genoma di SARS-CoV-2. 

Riprendendo il discorso nelle premesse, le mutazioni sono casuali e continuano ad avvenire, il ceppo originario attualmente non è più rilevabile ma, le singole mutazioni potrebbero ripresentarsi in luoghi dove non si sono ancora manifestate nei ceppi ancora “vergini” di quella stessa mutazione. 

Le “varianti” si sono manifestate anche nei mesi precedenti: focolai in Veneto provenienti dalla Serbia, la variante in Romania, quella “spagnola”, quella in Danimarca (visoni). 

Veniamo alla “variante inglese” VUI 202012/01 che presenta diverse mutazioni che riguardano la proteina Spike che, normalmente, risulta essere percentualmente più coinvolta in questo fenomeno. Le mutazioni sono N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H, oltre alla presenza di due delezioni, ovvero quelle a carico delle posizioni 69-70 e 145 

https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/SARS-CoV-2-variant-multiple-spike-protein-mutations-United-Kingdom.pdf.

Di queste, soltanto la S982A è realmente nuova e caratterizzante questa variante (comparsa 20/09/2020), mentre la N501Y che potrebbe essere coinvolta con la trasmissibilità, riguardando il punto di attacco all’ACE2, è una mutazione già nota in precedenza in diverse località (New York, Australia e UK).

In conclusione, le mutazioni ci sono state, ci sono e continueranno ad esserci perchè il SARS-CoV-2 è in fase di adattamento al nuovo ospite. Questa variante presenta mutazioni già note, tranne una (S982A) che riguarda un contesto della proteina Spike che non incide sull’interazione della stessa con il recettore ACE2 (se non eventualmente su un cambiamento sterico della proteina S ma che non si può dire che alteri la trasmissibilità del virus). E’ probabile che il sopravvento, in questo momento di questa variante in una certa zona dell’UK, dipenda da situazioni ambientali/demografiche piuttosto che da una variazione mutazionale del virus. Date queste premesse sulle mutazioni della “variante inglese”, non penso, pur senza certezza, che possa inficiare la validità dei vaccini che sono stati progettati su altri target.”

MeD Dent PhD Monza e Brianza